一种基于数据分析的海洋生物被膜抗菌肽预测方法及系统

    公开(公告)号:CN119811493A

    公开(公告)日:2025-04-11

    申请号:CN202411760902.5

    申请日:2024-12-03

    Abstract: 本发明涉及抗菌肽预测领域,公开了一种基于数据分析的海洋生物被膜抗菌肽预测方法及系统,该方法包括以下步骤:S1、通过序列特征和结构特征的联合提取方法,获取海洋生物被膜中抗菌肽的相关特征;S2、基于训练好的卷积神经网络与循环神经网络结合的神经网络模型,提取出序列特征和结构特征;S3、基于S2中提取出的序列特征和结构特征,分别计算得到第一活性评估系数和第二活性评估系数,并利用第一活性评估系数和第二活性评估系数构建海洋生物被膜抗菌肽的活性预测模型;S4、根据海洋生物被膜抗菌肽的活性预测模型输出的活性预测值与预先设定的活性阈值进行比较结果预测是否存在合格活性的抗菌肽。

    使用肽的数据存储
    4.
    发明授权

    公开(公告)号:CN112313749B

    公开(公告)日:2025-02-07

    申请号:CN201880094641.4

    申请日:2018-12-05

    Abstract: 公开了用于将数字数据存储到肽序列中并从肽序列中读取数字数据的方法和系统。用于将数字数据存储到肽序列中的方法可以包括:将数字数据编码为数字码(402);将所述数字码翻译成肽序列(404);以及合成已翻译的肽序列(406)。从肽序列中读取数字数据的方法可以包括:对肽序列测序并确定其顺序(502);将具有确定顺序的所述肽序列转换成数字码(504);以及从所述数字码中解码所述数字数据(506)。开发了具有纠错性能的代码,用于将数字数据编码成肽序列,并且开发了在软件中实现的计算方法以对携带数字数据的肽进行测序。

    功能序列和结构模拟相结合的基因挖掘方法、NADH偏好型草铵膦脱氢酶突变体及应用

    公开(公告)号:CN112908417B

    公开(公告)日:2025-01-10

    申请号:CN202011613020.8

    申请日:2020-12-30

    Abstract: 本发明公开了一种功能序列和结构模拟相结合的基因挖掘方法、NADH偏好型草铵膦脱氢酶突变体及应用。所述基因挖掘方法包括:(1)分析NADH型谷氨酸脱氢酶应具备的特性序列;(2)根据特征序列搜索基因库;(3)对搜索获得的基因进行聚类分析和蛋白结构模拟;(4)选择基因聚合度高且蛋白结构与已知草铵膦脱氢酶结构类似的基因作为候选基因。经基因挖掘得到来源于堆肥赖氨酸杆菌(Lysinibacillus composti)氨基酸序列如SEQ ID No.2所示的野生型草铵膦脱氢酶,并经过突变筛选到NADH偏好型草铵膦脱氢酶突变体,突变位点选自以下一种:(1)A144G‑V375F‑M91A;(2)A144G‑V345A‑M91A;(3)A144G,该突变体酶能够利用廉价的辅酶NAD进行催化反应。

    一种表达数据的预处理方法、装置、系统及存储介质

    公开(公告)号:CN119132417A

    公开(公告)日:2024-12-13

    申请号:CN202411123472.6

    申请日:2024-08-15

    Inventor: 罗文 韩丽娟

    Abstract: 本发明提供了一种表达数据的预处理方法、装置、系统及存储介质,涉及时空组学技术领域。所述表达数据的预处理方法包括:获取基于时空组技术的测序数据,并根据测序数据得到基因表达矩阵;进行降维处理得到细胞族群;确定细胞族群之间的差异基因列表,并构建得到基因集表达矩阵;将基因集表达矩阵转换为贡献度,并构建得到基因贡献度矩阵。本发明运用细胞分群与基因筛选技术,精准转换基因集表达矩阵,显著实现矩阵降维,使相似特征基因集更加聚合,尽可能保留下一些潜在的有价值的特征,既提升了分析精确度,又优化了计算资源使用效率,为科研工作者提供更为信赖且高效的研究途径。

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