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公开(公告)号：KR1020070061104A
公开(公告)日：2007-06-13
申请号：KR1020060045828
申请日：2006-05-22
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: A method and a device for predicting regulatory relationship of genes are provided to predict the regulatory relationship of the genes with high precision by using the data obtained from a micro-array experiment. The first encoder(41) calculates change of gene expression levels of neighboring two time points with the gene expression profile data indicating the expression level of each time point with a real number value, and classifies change levels into increase, constant, and decrease. The first encoder encodes expression profile data of each gene into a string comprising 3 types of characters by using a classification result. The second encoder(42) encodes the string comprising 3 types of the characters into the string comprising 6 types of characters according to array combination between neighboring characters. An SVM verifier(43) performs the SVM verifying by receiving the string comprising 6 types of characters of a pair of genes to be predicted.
Abstract translation: 提供了一种用于预测基因调控关系的方法和装置，通过使用从微阵列实验获得的数据来预测基因的高度精确的调控关系。 第一编码器（41）使用表示具有实数值的每个时间点的表达水平的基因表达谱数据来计算相邻两个时间点的基因表达水平的变化，并且将变化水平分类为增加，恒定和降低。 第一编码器通过使用分类结果将每个基因的表达谱数据编码成包括3种类型的字符的字符串。 第二编码器（42）根据相邻字符之间的阵列组合将包括3种类型的字符的字符串编码成包括6种类型的字符的字符串。 SVM验证器（43）通过接收包含要预测的一对基因的6种类型的字符的字符串来执行SVM验证。
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公开(公告)号：KR100701104B1
公开(公告)日：2007-03-28
申请号：KR1020040110351
申请日：2004-12-22
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F17/30
CPC classification number: G06F17/30292 , G06F17/30914
Abstract: 본 발명은 인터넷 상에 각기 상이한 위치에 상이한 형태로 분산 저장된 정보 자원으로부터 원하는 정보를 획득하는 통합 뷰를 생성하기 위하여 데이터베이스 스키마를 생성하는 방법 및 정보 통합 시스템에 관한 것이다.
본 발명은 명세언어로 기술된 정보 데이터베이스의 구조 및 내용을 해석하여, 의미적으로 대응되는 스키마를 생성하는 규칙과 스키마로부터 통합된 뷰를 생성하기 위해 필요한 정보들에 대한 정의를 포함하는 것을 특징으로 한다. 또한, 단일 데이터베이스를 표현하는 지역스키마들에 대해, 통합 뷰를 표현하는 전역스키마의 생성을 위해 XQuery 문법의 일부를 도입하며 데이터 뷰의 표현에 대한 표준 표현법에 대한 정의를 포함하는 것이 바람직하다.
이에 따라, 네트워크 상에 산재하는 다양한 이종 데이터베이스들에 대해 명세언어를 이용하여 통합된 뷰를 작성하고 실시간으로 질의할 수 있는 정보 통합 시스템을 제공할 수 있다.
바이오인포매틱스, 생물정보 데이터베이스, XML 스키마, 생물정보 통합, 랩퍼-
公开(公告)号：KR100668413B1
公开(公告)日：2007-01-16
申请号：KR1020050068784
申请日：2005-07-28
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: C12Q1/68
Abstract: 본 발명은 유전자의 발현 패턴 데이터와 단백질 상호작용 데이터를 이용하여 생물학적으로 같은 특정 목적을 수행하는 패스웨이를 예측하는 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 유전자의 패스웨이 예측 방법은 유전자의 발현 패턴 데이터로부터 유전자 간 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 이 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 1 단계, 유전자의 단백질 상호작용 데이터로부터 패스웨이 추출 알고리즘을 통해 부분 패스웨이를 생성하고, 이 부분 패스웨이를 매칭시켜 그래프 구조로 표시하는 제 2 단계, 및 제 1 단계의 그래프 구조와 제 2 단계의 그래프 구조를 그래프 매칭 알고리즘을 통해 융합하여 그래프 구조로 표시하는 제 3 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따른 패스웨이 예측 방법은 질병 발병 기전이나 경로에 대한 것을 생물학적인 많은 실험을 통한 것이 아니라, 해당 mRNA 발현 패턴과 기존에 밝혀져 있는 단백질 상호작용 데이터를 통해서 예측함으로 시간과 비용을 효율적으로 줄일 수 있으며, 또한, 두 가지 이상의 생물학적 데이터를 사용함으로써 예측 결과의 신뢰성이 향상될 수 있다.
유전자, 발현 패턴, 단백질 상호작용, 패스웨이, 예측-
公开(公告)号：KR100609692B1
公开(公告)日：2006-08-08
申请号：KR1020040109001
申请日：2004-12-20
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F19/10
Abstract: 바이오 객체 상호작용 네트워크를 통합하는 방법 및 장치가 개시된다. 본 발명은, 기본 및 대상 상호작용 네트워크를 통합하는 방법에 있어서, a)사용자에 의해 미리 정의된 소정의 비교 연산자에 기초하여, 상기 기본 및 대상 상호작용 네트워크 각각에서 바이오 객체 및 상호작용 관계를 중복 없이 유일하게 하는 전처리 단계; 및 b)상기 전처리된 상호작용 네트워크의 바이오 객체 및 상호작용 관계에 기초하여 상기 네트워크의 합집합, 교집합, 차집합 또는 사상을 생성하는 네트워크 연산 단계를 포함한다. 본 발명에 의하면, 하나 이상의 상호작용을 사용자의 의도에 따라 다양한 시각에서 통합할 수 있게 하는 상호작용 네트워크 통합 방법 및 장치가 제공된다.
바이오 객체, DNA, RNA, 단백질, 상호작용, 네트워크 통합-
公开(公告)号：KR1020060071668A
公开(公告)日：2006-06-27
申请号：KR1020040110351
申请日：2004-12-22
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F17/30
CPC classification number: G06F17/30292 , G06F17/30914
Abstract: 본 발명은 인터넷 상에 각기 상이한 위치에 상이한 형태로 분산 저장된 정보 자원으로부터 원하는 정보를 획득하는 통합 뷰를 생성하기 위하여 데이터베이스 스키마를 생성하는 방법 및 정보 통합 시스템에 관한 것이다.
본 발명은 명세언어로 기술된 정보 데이터베이스의 구조 및 내용을 해석하여, 의미적으로 대응되는 스키마를 생성하는 규칙과 스키마로부터 통합된 뷰를 생성하기 위해 필요한 정보들에 대한 정의를 포함하는 것을 특징으로 한다. 또한, 단일 데이터베이스를 표현하는 지역스키마들에 대해, 통합 뷰를 표현하는 전역스키마의 생성을 위해 XQuery 문법의 일부를 도입하며 데이터 뷰의 표현에 대한 표준 표현법에 대한 정의를 포함하는 것이 바람직하다.
이에 따라, 네트워크 상에 산재하는 다양한 이종 데이터베이스들에 대해 명세언어를 이용하여 통합된 뷰를 작성하고 실시간으로 질의할 수 있는 정보 통합 시스템을 제공할 수 있다.
바이오인포매틱스, 생물정보 데이터베이스, XML 스키마, 생물정보 통합, 랩퍼-
Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR1020060068417A
公开(公告)日：2006-06-21
申请号：KR1020040107104
申请日：2004-12-16
Applicant: 한국전자통신연구원
CPC classification number: G06F17/30864 , G06F17/274 , G06F17/2785 , G06F19/10
Abstract: 본 발명은 인터넷을 통해 제공되는 생물 정보 검색 서비스 특성을 고려하여, URI를 사용한 내부(혹은 외부) 생물정보간의 참조 및 자체 생물정보 데이터 베이스에 적용 가능한 유용한 연산들을 수용하여 논리적 필드로 정의하고, 이에 기반한 통합검색을 위해 엑스쿼리 내에서 사용된 논리적 필드를 생물정보의 실제 필드로 사상하고 수행 처리하는 생물 정보 검색 시스템 및 생물 정보 검색 방법에 관한 것이다.
본 발명의 생물 정보 통합 검색 시스템은 다수의 생물 정보 데이터 베이스에 각각 대응하며, 상기 생물 정보 데이터 베이스에 대하여 각각 구축되어 있는 검색/분석 연산 규칙을 이용하여, 사용자 질의에 응답하는 다수의 래퍼; 상기 사용자 질의를 상기 개별 래퍼에서 실행될 수 있도록 하나 이상의 부 질의로 분할하거나, 하나 이상의 부 질의를 생성하는 미디에이터; 및 상기 생물 정보 데이터 베이스에 대응하는 래퍼를 자동으로 생성하는 래퍼 생성부를 포함한다.
생물정보통합, 엑스쿼리, 논리적 필드, 질의 개념화, 바이오 인포매틱스-
公开(公告)号：KR1020060062945A
公开(公告)日：2006-06-12
申请号：KR1020040101952
申请日：2004-12-06
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: G06F19/10 , G01N33/00 , G01N33/6803 , G01N33/6842
Abstract: 본 발명은 단백질 기능 예측 시스템에 관한 것이다.
본 발명의 단백질 기능 예측 시스템은 테스트 단백질과 생물학적으로 상호 작용할 수 있는 인접 단백질들을 선발하는 인접 단백질 선택부; 상기 인접 단백질 선택부로부터 선발된 인접 단백질의 기능을 테스트 단백질의 기능으로 선발하는 후보 기능 추출부; 상기 인접 단백질 선택부에서 선발된 인접 단백질들의 상호작용 보편도를 정량화하여 평가하는 판별부; 상기 테스트 단백질과 상기 인접 단백질 간의 발현 관련도를 평가하는 발현 관련도 판별부; 및 상기 테스트 단백질의 기능을 예측하는 테스트 단백질 기능 예측부를 포함한다.-
公开(公告)号：KR1020050054377A
公开(公告)日：2005-06-10
申请号：KR1020030087745
申请日：2003-12-04
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: 본 발명은 단백질 상호작용 네트워크의 검색에 있어 불리언 연산자와 is-a, part-of의 계층구조를 갖는 유전자 온톨로지 개념을 이용하여 확장된 패싯 질의 기반으로 사용자 의도와 의미적으로 일치하는 정보를 순위화하여 제공하는 단백질 상호작용 네트워크 검색 시스템 및 방법에 관한 것이다.
본 발명은 각종 단백질 및 단백질 상호작용 정보와 유전자 온톨로지 정보를 데이터베이스화하는 단계; 사용자로부터 단백질 검색을 위한 각 질의항목들을 입력받는 단계; 데이터베이스의 계층구조 및 불리언 조합을 통해 사용자 질의를 확장하는 단계; 확장된 사용자 질의를 바탕으로 단백질를 검색하고 그 검색결과를 순위화하여 출력하는 단계; 및 단백질 검색결과중 사용자가 선택한 단백질리스트만을 포함하는 단백질 상호작용 네트워크 정보를 탐색하고 그 결과를 가중치 값에 따라 순위화하여 출력하는 단계;로 이루어진다.-
公开(公告)号：KR100472069B1
公开(公告)日：2005-03-10
申请号：KR1020020078287
申请日：2002-12-10
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06T1/00
Abstract: 본 발명은 세포 영상 분석 시스템에서의 세포 영상 분할 방법에 관한 것으로, 개선된 스네이크 영상 분할 방법을 이용하여 시간에 따라 변화하는 세포 영역을 효과적으로 분할 할 수 있는 세포 영상 분석 시스템에서의 세포 영상 분할 방법과 상기 방법을 실현시키기 위한 프로그램을 기록한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록매체를 제공하며, 입력된 전체영상에서 대표 영상을 추출하고, 각 세포의 경계선을 추출하여 첫 번째 영상의 스네이크 초기점으로 설정하는 제 1 단계; 상기 첫 번째 영상에서 세포의 경계선을 추출하여 다음 영상의 스네이크 초기점으로 설정하는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 설정된 스네이크 초기점이 세포의 경계선 근처에 있는지 판단하는 제 3 단계; 상기 제 3 단계의 판단 결과, 세포의 경계선 근처에 있으면 유클리디언 거리 값으로 세포의 경계선을 추출하는 제 4 단계; 및 상기 제 3 단계의 판단 결과, 세포의 경계선 근처에 있지 않으면 블록 매칭을 수행하여 세포의 경계선까지 스네이크 점을 유도하고 상기 제 3 단계의 세포의 경계선 근처에 있는지 판단하는 과정으로 진행하는 제 5 단계를 포함하고, 바이오 영상 처리 시스템 등에 이용됨.
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公开(公告)号：KR100467315B1
公开(公告)日：2005-01-24
申请号：KR1020010085038
申请日：2001-12-26
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G01N33/53
Abstract: PURPOSE: A biosensor using a competitive bond and a device and a method for detecting biological samples using the same are provided, thereby indirectly detecting the biological samples using the competitive bond, so that the signal sensitivity of the biosensor can be increased. CONSTITUTION: A biosensor capable of selectively binding with the analyte-binding material(ABM) comprises a board, a metal thin layer on the board, biological sample-like materials having the similar structure to the biological samples and immobilized on the metal thin layer, wherein the biological sample is glucose; the ABM is concanavalin A, coenzyme-removed apo-glucose oxidase or glucose dehydrogenase; the board is glass; and the metal thin layer is gold thin layer. A device(200) for detecting biological samples(62) comprises (a) the biosensor(100) containing the metal thin layer(20) and biological sample-like materials having similar structure to the biological samples and immobilized on the metal thin layer; (b) a buffer solution(110) containing the biological samples and ABM; (c) a dielectric medium(120) formed on both surfaces of the glass board; (d) refraction rate matching oil between the glass board and the dielectric medium; (e) a light emitting portion(140) for applying light to the glass board through the dielectric medium; and (f) a light receiving portion(150) for measuring the light intensity reflected from the glass board.
Abstract translation: 目的：提供使用竞争键的生物传感器和使用该生物传感器检测生物样品的装置和方法，由此通过竞争键间接检测生物样品，从而可以提高生物传感器的信号灵敏度。 构成：能够选择性地与分析物结合材料（ABM）结合的生物传感器包括板，板上的金属薄层，具有与生物样品类似结构并固定在金属薄层上的生物样品样材料， 其中生物样品是葡萄糖; ABM是伴刀豆球蛋白A，辅酶去除的脱辅基葡萄糖氧化酶或葡萄糖脱氢酶; 板子是玻璃的; 金属薄层为金薄层。 一种用于检测生物样品（62）的装置（200），包括：（a）包含金属薄层（20）的生物传感器（100）和具有与生物样品相似结构并固定在金属薄层上的生物样品样物质; （b）含有生物样品和ABM的缓冲溶液（110）; （c）在玻璃板的两个表面上形成的电介质（120）; （d）玻璃板和电介质之间的折射率匹配油; （e）发光部分（140），用于通过电介质向玻璃板施加光; 和（f）用于测量从玻璃板反射的光强度的光接收部分（150）。
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