Abstract:
Methods, systems, kits and compositions are described for quality control and quantitation of nucleic acid libraries of double stranded nucleic acid libraries prior to massively parallel sequencing. Electrophoretic separation within a channel using a detectably labeled single stranded sizing ladder may be used to define the molecular weight range and amount of the double stranded nucleic acids.
Abstract:
This application relates to methods for ligating oligonucleotides having complementarity to a target nucleic acid, and amplifying the ligated oligonucleotides, where ligation and amplification occur in the same reaction mixture.
Abstract:
Un método para ligar al menos el primer y segundo oligonucleótidos, en donde cada uno del primer y segundo oligonucleótidos está unido a una sonda específica del objetivo, para producir un molde de oligonucleótido ligada y amplificar el molde del oligonucleótido ligado para producir un ácido nucleico diana amplificado, en donde la ligación y la amplificación se produce en una sola mezcla de reacción, en donde el primer y segundo oligonucleótidos se ligan entre sí utilizando un oligonucleótido de férula y una ligasa, en donde el primer y segundo oligonucleótidos se hibridan al oligonucleótido de férula y en donde la parte hibridada del oligonucleótido de férula no es más de 20 nucleótidos de largo; y en donde dicha ligasa se selecciona del grupo que consiste en la ligasa de SEC ID NO.: 77, la ligasa de SEC ID 10 NO.: 78, la ligasa de SEC ID NO.: 79, la ligasa de SEC ID NO.: 80, la ligasa de SEC ID NO.: 81, la ligasa de SEC ID NO.: 82, y combinaciones de las mismas.
Abstract:
Un método para acoplar al menos dos oligonucleótidos para producir un oligonucleótido acoplado y amplificar el oligonucleótido acoplado, en el que el acoplamiento y la amplificación se producen en una única mezcla de reacción, comprendiendo dicho método las etapas, en combinación, de: a) poner en contacto una proteína diana o analito con al menos una primera y una segunda sonda, teniendo cada sonda una especificidad de unión por la proteína o el analito y estando unida al menos a un tipo de oligonucleótido; b) acoplar entre sí los oligonucleótidos sobre la primera y la segunda sonda empleando (i) una ligasa seleccionada del grupo que consiste en la ligasa de SEQ ID NO:77, la ligasa de SEQ ID NO:78, la ligasa de SEQ ID NO:79, la ligasa de SEQ ID NO:80, la ligasa de SEQ ID NO:81, la ligasa de SEQ ID NO:82, y sus combinaciones, y (ii) un puente oligonucleotídico, en el que dicho puente oligonucleotídico comprende un extremo 3' de cuatro a nueve bases de longitud, y un extremo 5' de cuatro a nueve bases de longitud, para producir un ácido nucleico diana y amplificar el ácido nucleico diana; y, c) detectar el ácido nucleico diana amplificado